任间的个人简介
任间，男，博士，中山大学生命科学学院、超级计算学院、附属肿瘤医院，教授、博导，中山大学生物信息学中心主任，广东省首批自然科学杰出青年基金获得者，教育部新世纪优秀人才。
个人简历
1998至2002年就读于上海交通大学动力与能源工程学院，获核工程与核技术专业学士学位。2002至2007年在中国科学技术大学近代物理系金革教授实验室攻读博士期间参与国家大科学工程项目"大天区面积多目标光纤光谱望远镜"（LAMOST），并承担其中的巡天战略系统的研发工作，在计算机算法和大型工程软件设计开发方面具有丰富的经验。2007年7月获得物理电子学工学博士学位之后进入中国科学技术大学生命科学学院温龙平研究组进行博士后研究工作,将计算机和天文学算法以及工程学思想成功运用到生物信息学领域，在蛋白质组生物信息学方面取得了丰富成果。主要包括设计出高效的GPS（Group-based Prediction System）预测算法，并基于该算法开发出十多种蛋白质翻译后修饰位点预测工具，此外还构建多个蛋白质相关数据库及辅助工具。2010 年3月获中山大学生命科学学院“百人计划”引进，2011年12月晋升教授。进入生物领域后，在包括Molecular & Cellular Proteomics, Nucleic Acids Research, Cell Research, Briefings in Bioinformatics等国际著名杂志上发表SCI 论文27篇（9篇IF7.0），其中通讯或一作19篇，累计影响因子150。所发布的GPS系列工具在蛋白质翻译后修饰领域受到广泛关注，推动了该领域发展，相关文章已被包括Nature、Science及Cell系列杂志在内的文章引用700余次，最高单篇引用超200次，H-index 12。担任国际杂志Frontiers in Genetics编委。主持国家自然科学基金3项，作为骨干参与科技部973/863/国际合作项目4项。发布生物信息学工具及数据库20多个，获颁软件著作权登记证书17项。
教育及工作经历
1998.09 u2013 2002.07 学士 上海交通大学动力与能源工程学院核工程与自动化专业
2002.09 u2013 2007.06 博士 中国科学技术大学近代物理系物理电子学专业
2007.07 u2013 2010.03 博士后 中国科学技术大学生命科学学院
2010.03 u2013 2011.12 副教授 中山大学生命科学学院
2011.12 u2013 今 教授 中山大学生命科学学院
2012.05 u2013 今 部长 高性能计算2011协同创新中心应用研发部
2012.11 u2013 今 主任 中山大学生命科学学院生物信息学中心
2013.03 u2013 今 副主任 中山大学生物信息学系
2013.11 u2013 今 教授（双聘） 中山大学超级计算学院
2014.07u2013 今 教授（兼职） 中山大学附属肿瘤医院
学术成果
发表论文
1. Xue Y#,Ren J#, Gao XJ, Jin CJ, Wen LP, Yao XB. GPS 2.0, a tool to predict kinase-specific phosphorylation sites in hierarchy.Molecular & Cellular Proteomics. 2008;7(9):1598-1608. ( IF:8.834, cited by197)
2.Ren J, Wen LP, Gao XJ, Jin CJ, Xue Y, Yao XB. CSS-Palm 2.0: an updated software for palmitoylation sites prediction.Protein Eng Des Sel. 2008;21(11):639-644. (IF: 3.023, cited by139)
3.Ren J, Gao XJ, Jin CJ, Zhu M, Wang XW, Shaw A, Wen LP, Yao XB, Xue Y. Systematic study of protein sumoylation: Development of a site-specific predictor of SUMOsp 2.0.Proteomics. 2009;9(12):3409-3412. (IF: 4.815, cited by92)
4.Ren J, Wen LP, Gao XJ, Jin CJ, Xue Y, Yao XB. DOG 1.0: illustrator of protein domain structures.Cell Research. 2009;19(2):271-273. (IF:9.417, cited by74)
5. Zhao Q, Xie YB, Zheng YY, Jiang S, Liu WZ, Mu WP, Liu ZX, Zhao Y, Xue Y andRen J*. GPS-SUMO: a tool for the prediction of sumoylation sites and SUMO-interaction motifs.Nucleic Acids Research. 2014;42: W325-30.(IF:8.808)
6. Xue Y, Liu ZX, Gao XJ, Jin CJ, Wen LP, Yao XB,Ren J*. GPS-SNO: Computational Prediction of Protein S-Nitrosylation Sites with a Modified GPS Algorithm.Plos One. 2010;5(6): e11290. (IF: 4.411, cited by42)
7. Xue Y, Liu ZX, Cao J, Ma Q, Gao X, Wang QQ, Jin CJ, Zhou YH, Wen LP,Ren J*. GPS 2.1: enhanced prediction of kinase-specific phosphorylation sites with an algorithm of motif length selection.Protein Eng Des Sel. 2011;24(3):255-260. (IF: 3.023, cited by30)
8.Ren J, Jiang CH, Gao XJ, Liu ZX, Yuan ZN, Jin CJ, Wen LP, Zhang ZL, Xue Y, Yao XB. PhosSNP for Systematic Analysis of Genetic Polymorphisms That Influence Protein Phosphorylation.Molecular & Cellular Proteomics. 2010;9(4):623-634. (IF:8.354, cited by16)
9.Ren J, Liu ZX, Gao XJ, Jin CJ, Ye ML, Zou HF, Wen LP, Zhang ZL, Xue Y, Yao XB. MiCroKit 3.0: an integrated database of midbody, centrosome and kinetochore.Nucleic Acids Research. 2010;38:D155-D160. (IF:8.808, cited by11)
10. Liu ZX, Cao J, Gao XJ, Zhou YH, Wen LP, Yang X, Yao XB,Ren J*, Xue Y*. CPLA 1.0: an integrated database of protein lysine acetylation.Nucleic Acids Research. 2011;39:D1029-1034. (IF:8.808, cited by16)
11. Song CX, Ye ML, Jiang XN, Han GH, Songyang Z, Tan YX, Wang HY,Ren J*, Xue Y* & Zou HF*. Systematic analysis of protein phosphorylation networks from phosphoproteomic data.Molecular & Cellular Proteomics. 2012;11(10):1070-1083. (IF:7.398)
12. Liu ZX#,Ren J#, Cao J, He J, Yang Q, Ma Q, Gao XJ, Yao XB, Jin CJ, Xue Y. Systematic analysis of the Plk-mediated phosphoregulation in eukaryotes.Briefings in Bioinformatics.2013;14 (3):344-360 (IF:5.924)
13. Xue Y, Gao XJ, Cao J, Liu ZX, Jin CJ, Wen LP, Yao XB,Ren J*. A Summary of Computational Resources for Protein Phosphorylation.Current Protein & Peptide Science. 2010;11(6):485-496. (IF: 3.83, cited by18)
14. Zheng YY, Guo JJ, Li X, Xie YB, Hou MM, Fu XY, Dai SK, Diao RC, Miao YY* andRen J*. An integrated overview of spatiotemporal organization and regulation in mitosis in terms of the proteins in the functional supercomplexes.Frontiers in Microbiology. 2014(IF: 3.9, in press)
15. Liu ZX, Gao X, Ma Q, Cao J,Ren J*, Xue Y*. GPS-CCD: A novel computational program for prediction of calpain cleavage sites.Plos One.2011;6(4):e19001. (IF: 4.411, cited by11)
16. Liu ZX, Cao J, Ma Q, Gao XJ,Ren J*, Xue Y*. GPS-YNO2: computational prediction of tyrosine nitration sites in proteins.Mol Biosyst. 2011; 7(4):1197-1204. (IF: 3.825, cited by14)
17. Liu ZX, Ma Q, Cao J, Gao XJ,Ren J*, Xue Y*. GPS-PUP: computational prediction of pupylation sites in prokaryotic proteins.Mol Biosyst. 2011;7(10):2737-2740. (IF: 3.825, cited by 7)
18.Ren J, Gao XJ, Liu ZX, Cao J, Ma Q, Xue Y. Computational Analysis of Phosphoproteomics: Progresses and Perspectives.Current Protein & Peptide Science. 2011;7(12):591-601.(IF: 3.83)
19. Xue Y, Liu ZX, Cao J,Ren J.(2011) Systems and Computational Biology - Molecular and Cellular Experimental Systems.InTech. ISBN 978-953-307-280-7(Book Chapter)
20. Gao TS, Liu ZX, Wang YB, Cheng H, Yang Q, Guo AY,Ren Jand Xue Y. UUCD: a family-based database of ubiquitin and ubiquitin-like conjugation.Nucleic Acids Res. 2013;41:D445-51. (IF:8.026)
21. Liu ZX, Wang YB, Gao TS, Pan ZC, Cheng H, Yang Q, Cheng ZY, Guo AY,Ren Jand Xue Y. CPLM: a database of protein lysine modifications.Nucleic Acids Res. 2014;42:D531-536. (IF:8.026)
22. Wang YB, Dai ZY, Cheng H, Liu ZX, Pan ZC, Deng WK, Gao TS, Li XT, Yao YG,Ren Jand Xue Y. Towards a better understanding of the novel avian-origin H7N9 influenza A virus in China.Scientific Reports. 2014; 3:2318. (IF:2.927)
23. Han GH, Ye ML, Jiang XN, Chen R,Ren J, Xue Y, Wang FJ, Song CX, Yao XB, Zou HF. Comprehensive and Reliable Phosphorylation Site Mapping of Individual Phosphoproteins by Combination of Multiple Stage Mass Spectrometric Analysis with a Target-Decoy Database Search.Analytical Chemistry. 2009;81(14):5794-5805. (IF:5.712, cited by17).
24. Gao XJ, Jin CJ,Ren J, Yao XB, Xue Y. Proteome-wide prediction of PKA phosphorylation sites in eukaryotic kingdom.Genomics. 2008;92(6):457-463. (IF:3.613, cited by12).
25. Liu ZX, Yuan F,Ren J, Cao J, Zhou YH, Yang Q, Xue Y. GPS-ARM: Computational Analysis of the APC/C Recognition Motif by Predicting D-Boxes and KEN-Boxes.Plos One. 2012;7(3):e34370
26. Cai RK, Liu ZX,Ren J, Ma C, Gao TS, Zhou YH, Yang Q, Xue Y. GPS-MBA: computational analysis of MHC class II epitopes in type 1 diabetes.PloS one. 2012; 7(3):e33884.
27. Yao YG, Ma LL, Jia Q, Deng WK, Liu ZX, Zhang YW,Ren J, Xue Y, Jia HB, Yang Q. Systematic characterization of small RNAome during zebrafish early developmental stages.BMC Genomics.2014
(*通讯# 一作)
获奖情况：
1. 2013年入选教育部新世纪优秀人才。
2. 2012年获广东省自然科学杰出青年基金，为首批16人之一。
3. 2011年入选首批广州市珠江科技新星。
4. 2013年于MIT获国际遗传工程机器设计竞赛（iGEM）软件组世界总决赛金奖与Best Software Project单项大奖，领队。
5. 2012年于MIT的iGEM世界总决赛上获得Best Clotho App与Best Genome Compiler Based Design两个单项大奖，领队。
6. 2012年获国际遗传工程机器设计竞赛（iGEM）软件组亚洲区金奖，领队。
7. 2012年获国际遗传工程机器设计竞赛（iGEM）亚洲区银奖，领队。
8. 2011年获国际遗传工程机器设计竞赛（iGEM）亚洲区铜奖，领队。
科研成果
已发布生物信息学工具：
1. 蛋白质磷酸化位点预测工具：GPS 2.1
2. 蛋白质磷酸化相关SNP数据库：PhosSNP 1.0
3. 中体、中心体及动粒蛋白质数据库：MiCroKit 3.0
4. 蛋白质乙酰化数据库：CPLA 1.0
5. 蛋白质功能结构域示意图绘制软件：DOG 1.0
6. 蛋白质SUMO化位点预测工具：SUMOsp 2.0
7. 蛋白质棕榈酰化位点预测工具：CSS-Palm 2.0
8. 钙蛋白酶切位点预测工具：GPS-CCD 1.0
9. 蛋白质巯基亚硝基化位点预测工具：GPS-SNO 1.0
10. 蛋白质翻译后修饰肽段扫描工具：PPS 1.0
11. 蛋白质酪氨酸硝化位点预测工具：GPS-YNO2 1.0
12. 蛋白质SUMO化结合模体预测工具：GPS-SBM 1.0
13. 磷酸化网络构建工具：iGPS 1.0
14. 细胞死亡相关蛋白质数据库：THANATOS
其中GPS、CSS-Palm和SUMOsp已被著名蛋白质组学门户网站ExPASy收录
访问量超过5000人/月。
包括美国BMS（百时美施贵宝）、法国Hybrigenics和日本Eisai在内的多家国际著名制药公司已购买GPS系列软件的商业版授权。
获颁计算机软件著作权登记证书：
1. 图形化局部序列比对软件，2014SR004801，2014，中国，任间、张冉、谢宇斌、赵齐
2. 生物序列特征图标绘制软件，2014SR036498，中国，任间、刘文忠、赵齐、谢宇斌
3. 生物信号通路示意图绘制软件，2014SR038082，中国，任间、刘文忠、谢宇斌、赵齐
4. 医学多中心统计分析软件，2014SR013108，2014，中国，任间、刘文忠、李旭
5. 蛋白质翻译后修饰棕榈酰化位点预测工具，2009SR022423，2009，中国，任间、薛宇
6. 蛋白质翻译后修饰磷酸化位点预测工具，2009SR023467，2009，中国，任间、薛宇
7. 蛋白质翻译后修饰SUMO化位点预测工具，2009SR022424，2009，中国，任间、薛宇
8. 蛋白质功能结构域示意图绘制工具，2009SR054172，2009，中国，任间、薛宇
9. LAMOST巡天观测战略系统，2009SR027003，2009，中国，任间、袁海龙、金革
